Manuel Fernandes nasceu no dia 5 de Fevereiro de 1986 em Lisboa, Portugal.
Manuel Fernandes cresceu na Amadora onde jogava futebol de rua com o Internacional Português, Nani, até entrar para as escolas de formação do Benfica onde fez parte da equipa principal na época 2003-2004 sobre as Ordens de José António Camacho. Rapidamente impressionou o treinador e torna-se no segundo mais jovem jogador de sempre do Benfica a marcar um golo no campeonato.
Na época seguinte tornou-se um dos jogadores fundamentais da equipa liderada então por Giovanni Trapattoni, época em que o Benfica venceu a Superliga Portuguesa.
Manuel Fernandes rapidamente desejou conhecer novas Ligas de Futebol e depois de pressionar o seu clube, este cedeu e emprestou os seus serviços ao Portsmouth de terras de sua magestade
A aventura teve um bom inicio pois no seu primeiro jogo em apenas 5 minutos após a sua entrada marcou um golo frente ao Mansfield Town que valeu a vitória da sua equipa. A partir deste momento as coisas não correram da melhor maneira e teve poucas oportunidades de mostrar o seu futebol, o que o obrigou a regressar ao Benfica.
Em Janeiro de 2007 Manuel Fernandes foi emprestado ao Everton até Junho, aqui rapidamente ganhou o seu espaço e teve os fãs do seu lado graças a grandes exibições, mas não foi o suficiente para convencer o clube a despender 18 milhões de euros pela sua contratação, apesar de várias negociações.
Mas a surpresa aconteceu no dia 26 de Agosto, Valência assina um contrato de 6 anos com o valência por um valor de 18 milhões de euros, com uma clausula de 60 milhões de euros.
Manuel Fernandes na sua primeira época em Valência apenas realizou 7 partidas, pois o técnico não apostou muito nas suas qualidades, o que originou em Janeiro o seu empréstimo ao Everton para ter oportunidade de jogar até ao final da época.
Nesta nova época Manuel Fernandes regressou ao Valência e tem jogado com mais regularidade, o que levou a que fosse chamado à Selecção A de Portugal.
Manuel Fernandes jogou os Europeus de sub 21 em Portugal e Holanda, bem como faez parte da qualificação para o Europeu de 2009.
Na selecção principal teve a sua estreia em Fevereiro de 2005 mas depois disso poucas vezes foi chamado, regressando agora aos eleitos da selecção e provando que será uma opção válida para o futuro da selecção Nacional.
